Базовыми учебно-научными подразделениями, определяющимии содержание обучения в Академической гимназии СПбГУ, являются:
- биологический факультет
- институт наук о Земле
- математико-механический факультет
- физический факультет
- институт химии
- факультет прикладной математики - процессов управления
- институт истории