Базовыми учебно-научными подразделениями, определяющимии содержание обучения в Академической гимназии СПбГУ, являются:
биологический факультет
институт наук о Земле
математико-механический факультет
физический факультет
институт химии
факультет прикладной математики - процессов управления
институт истории