Базовыми учебно-научными подразделениями, определяющимии содержание обучения в Академической гимназии СПбГУ, являются:

• биологический факультет
• институт наук о Земле
• математико-механический факультет
• физический факультет
• институт химии
• факультет прикладной математики - процессов управления
• институт истории